物理与光电工程学院现是2019年1月根据学校学科调整，由原光电工程学院、原物理与能源学院及原电子科学与技术学院（光电相关部分）合并组建。其办学历史可以追溯到1985年建立的应用物理系。2006年，由原理学院应用物理系、核技术应用研究所和原师范学院物理教育系组建了物理科学学院，2015年12月物理科学学院更名为物理与能源学院。2006年，由原工程技术学院电子科技系、光电信息系组建了电子科学与技术学院。2007年，在光电子学研究所基础上建立光电工程学院，在院、所创始人牛憨笨院士的带领下，建立了围绕光电和测控领域的完整学科群。
物理与光电工程学院现有光电信息科学与工程、物理学（含师范物理方向）、测控技术与仪器、核工程与核技术4个本科专业，光学工程、物理学一级学科硕士点、光学工程一级学科博士点和光学工程博士后流动站。其中，光学工程学科在2012年获评“广东省攀峰重点学科”，2015年入选广东省高水平大学重点建设学科，在2016年第四轮教育部学科评估中获评B+，并列排名全国第九。光电信息科学与工程为广东省特色专业。学院已形成本科-硕士-博士-博士后流动站的完整人才培养体系。
学院现有教职工301人，教授56人（含特聘教授17人），副教授60人，231人有博士学位。其中包括：中国科学院院士1人，国家杰青2人，国家优青4人，广东省领军人才1人，珠江学者特聘教授1人，国务院特殊津贴专家2人，深圳市孔雀团队2人。
学院另聘有中国科学院王乃彦院士等为双聘院士，建立了中国科学院李建刚院士工作站、王秋良院士工作站，聘任了中国工程院院士、中国核动力研究院于俊崇院士、中国工程院院士万元熙等为深圳大学访问教授。
学院现有在读硕士生741名，博士生124名，在站博士后192名。在校期间学生除有机会获得“国家奖学金”、“深圳大学奖学金”、“联赢--牛憨笨奖学金”、“好日子奖学金”外，还可参加评选国家和社会赞助的各类助学金，使品学兼优的同学拥有更多的获奖、获助的机会。
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