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经国家教育部高等教育司备案，2013年3月国家教育部批准深圳大学医学部医学院设立药学专业，并于同月成立药学系，同年9月实现首届药学本科学生招生。2017年5月深圳大学医学部药学院正式成立，2018年5月18日深圳大学医学部药学院举办成立仪式，同年成功获批药学专硕学位点。目前，每年本科招生规模为60名，现有在校学生200余人；硕士在校共225人。
药学院拥有良好的教学与科研条件，药学院设有七个教研室：药物化学教研室、天然药物学教研室、中药学教研室、药理学教研室、药剂学教研室、药物分析学教研室、临床药学与药事管理学教研室；拥有医学合成生物学应用关键技术国家地方联合工程实验室、深圳市天然小分子创新药物工程实验室、深圳市新型天然保健品研究重点实验室、深圳大学翰宇药业创新药物联合实验室等研究平台。
药学院拥有一支年富力强、实力雄厚的高水平师资队伍，现有专职教师26人，全体教师拥有博士学位，70%的教师具有海（境）外留学或研究工作经历。随着深圳大学正在加快建设高水平大学的步伐，药学院将为深圳、广东省和全国药学领域培养品德优良的高素质专业人才；为我国研究开发拥有自主知识产权的创新临床新药。
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